用哪種溶劑溶解合成肽一直是困擾多肽工作者的一個難題。根據不同的氨基酸序列，可以參考以下方法來溶解合成肽。*好是先將少量肽用水溶液溶解，不要一次將全部樣品都溶解掉。
1. 將酸性氨基酸Asp (D)，Glu (E)和C端-COOH的值定為-1。
2. 將堿性氨基酸Arg (R)，Lys (K)，His (H)的值定為+1。
3. 計算肽中全部電荷量。
4. 如果肽的全部電荷為正值，則肽呈堿性，可以先用水溶解。如果肽不溶于水，可以用10%乙酸或者更高濃度的乙酸溶解。如果肽一點都不溶，加入TFA(<50ml)助溶，并用去離子水稀釋至1ml。
5. 如果肽的全部電荷為負值，則肽呈酸性，可以先用水溶解。如果肽不溶于水，加入NH₄OH(<50ml) 助溶，并用去離子水稀釋至1ml。
6. 如果肽的全部電荷為0，則肽呈中性。中性肽需要用乙腈、甲醇、異丙醇等有機溶劑來溶解，也可以加入變性劑（如尿素、鹽酸胍等）。

實例： KRLMKSIEVIMPL: (+4) + (-2) = +2。此條肽呈堿性。見以上步驟4。

LVKMKSIEDPDCE: (+3) + (-5) = -2。此條肽呈酸性。見以上步驟5。

MVSRKDLVEHRDM: (+4) + (-4) = 0。此條肽呈中性。見以上步驟6。